相続登記の登録免許税はいくら？計算方法と間違いやすいケースを司法書士が解説

相続登記にかかる登録免許税とは

相続登記を進めるにあたって、「費用はいくらかかるのか」というご質問をよくいただきます。

登録免許税とは、不動産の名義を変えるときに法務局に納める税金です。いわば名義変更の手数料のようなもので、司法書士に依頼しても、ご自身で手続きをされても、必ず同じ金額がかかります。専門家に頼むと節約できるものではなく、誰が手続きをしても等しく納める必要があります。

登録免許税は不動産の固定資産税評価額をもとに計算するため、不動産の価値によって金額が変わります。このコラムでは、計算の正確な手順と端数処理を含むリアルな計算例、そして実務上間違いやすいケースを解説します。

相続登記の登録免許税は「固定資産税評価額 × 0.4%」

相続を原因とする所有権移転登記（相続登記）の登録免許税の税率は0.4%です。

計算に使うのは、市区町村が管理する固定資産課税台帳に登録された価格、いわゆる固定資産税評価額です。市役所・区役所などの窓口で取得できる「固定資産税評価証明書」に記載されており、相続登記の申請では通常この評価証明書を取得して確認します。固定資産税の納税通知書に同封される課税明細書でも確認できることがあります。

登録免許税の計算に使うのは「評価額」です

「固定資産税課税標準額」や「年税額」ではありません

評価証明書や課税明細書には複数の数字が記載されており、どの数字を使うか迷いやすいです。登録免許税の計算に使うのは「価格」または「評価額」と記載されている欄です。「固定資産税課税標準額」「都市計画税課税標準額」「年税額」は使いません。

評価証明書の欄	登録免許税の計算に使うか
価格・評価額	使う
固定資産税課税標準額	使わない
都市計画税課税標準額	使わない
固定資産税相当額・年税額	使わない
非課税	そのまま0円とは限らない

特に「固定資産税課税標準額」は、住宅用地の特例などにより評価額より低く設定されていることがあるため、この数字で計算すると登録免許税が不足します。必ず「評価額」の欄を使ってください。

登録免許税の計算手順

登録免許税は次の5つのステップで計算します。

STEP01

同一申請書に含まれる全不動産の評価額を合算する

同じ申請書でまとめて登記申請する不動産（土地複数筆・建物など）の評価額をすべて足します。

STEP02

合算した金額の1,000円未満を切り捨てる

ここで出した金額が、登録免許税の計算に使う課税価格です。

重要：1,000円未満の切り捨ては、各不動産ごとではなく、合算した後に1回だけ行います。

STEP03

課税価格に0.4％をかける

相続登記の場合、原則として課税価格に0.4％をかけて税額を計算します。

STEP04

計算結果の100円未満を切り捨てる

100円未満を切り捨てた金額が、登録免許税額になります。

STEP05

税額が1,000円未満の場合は1,000円

計算した登録免許税額が1,000円未満となる場合は、原則として1,000円になります。

ただし、後述する免税措置が適用される土地については、この最低税額の扱いとは別に、登録免許税が非課税となる場合があります。

「合算してから切り捨て」が正しい理由

各不動産ごとに1,000円未満を切り捨ててから合算すると誤りになります。法務省の公式計算例でも「複数の不動産を同一の申請書で申請するときは、それぞれの不動産の固定資産課税台帳の価格の合計額から、1,000円に満たない額を切り捨てる」と明記されています。

端数の組み合わせによっては、計算方法の違いで課税価格が変わります。

【比較例】各不動産の端数が合算後に繰り上がるケース

• 土地①の評価額：1,000,700円
• 土地②の評価額：1,000,700円

計算方法	処理	課税価格
❌ 筆ごとに切り捨て	1,000,000円 ＋ 1,000,000円	2,000,000円
✅ 合算してから切り捨て	2,001,400円 → 2,001,000円	2,001,000円

この例では課税価格が1,000円異なります。

具体的な計算例

例①：土地1筆・建物1棟（一戸建て）の場合

STEP01

評価額を合算

土地　18,456,780円　＋　建物　7,823,400円
＝ 26,280,180円

STEP02

1,000円未満を切り捨て

26,280,180円　→　26,280,000円 （課税価格）

ポイント：不動産ごとではなく、合算した金額から1,000円未満を切り捨てます。

STEP03

0.4％をかける

26,280,000円 × 0.4％ ＝ 105,120円

STEP04

100円未満を切り捨て

105,120円　→　105,100円

この例の登録免許税

105,100円

土地1筆・建物1棟を同一申請する場合

例②：土地2筆・建物1棟の場合

STEP01

評価額を合算

土地①　12,340,500円　＋　土地②　3,678,900円
＋　建物　5,123,400円
＝ 21,142,800円

STEP02

1,000円未満を切り捨て

21,142,800円　→　21,142,000円 （課税価格）

ポイント：土地が複数筆ある場合でも、同一申請であれば合算した金額から1,000円未満を切り捨てます。

STEP03

0.4％をかける

21,142,000円 × 0.4％ ＝ 84,568円

STEP04

100円未満を切り捨て

84,568円　→　84,500円

この例の登録免許税

84,500円

土地2筆・建物1棟を同一申請する場合

例③：マンション（敷地権付き区分所有建物）の場合

マンションの登記形態にはいくつかの種類があります。現在建てられているマンションの多くは、土地の持分が「敷地権」として建物と一体で登記されています。この場合、固定資産評価証明書では専有部分の建物評価額と敷地権に対応する土地評価額が分けて記載されていることがあります。

なお、古いマンションでは敷地権が設定されておらず、土地が区分所有者全員の「共有持分」として別々に登記されているケースもあります。その場合は建物と土地を別々に申請することがあり、計算の方法が変わることがあります。

STEP01

評価額を合算

専有部分（建物）　4,567,800円　＋　敷地権（土地持分）　6,234,500円
＝ 10,802,300円

STEP02

1,000円未満を切り捨て

10,802,300円　→　10,802,000円 （課税価格）

ポイント：マンションでも、同一申請であれば建物評価額と敷地権に対応する土地評価額を合算して計算します。

STEP03

0.4％をかける

10,802,000円 × 0.4％ ＝ 43,208円

STEP04

100円未満を切り捨て

43,208円　→　43,200円

この例の登録免許税

43,200円

敷地権付き区分所有建物を同一申請する場合

例④：持分（共有）で相続する場合

相続人が複数いて不動産を共有で相続する場合は、各不動産の評価額に持分割合を掛けた金額を合算してから、1,000円未満を切り捨てます。

計算の順序

1. 各不動産の評価額 × 持分割合を計算する（ここではまだ切り捨てない）
2. 計算した金額をすべて合算する
3. 合算した金額の1,000円未満を切り捨てる（課税価格）
4. 課税価格 × 0.4%
5. 100円未満を切り捨てる

具体例：土地・建物を2分の1の持分で相続する場合

相続人が複数いて不動産を共有で相続する場合は、各不動産の評価額に持分割合を掛けた金額を合算してから、1,000円未満を切り捨てます。

ここでは、土地と建物を2分の1の持分で相続する場合を例に確認します。

STEP01

持分相当額を計算

土地　18,456,780円 × 1/2 ＝ 9,228,390円
建物　7,823,400円 × 1/2 ＝ 3,911,700円

ポイント：持分相当額を計算する段階では、まだ1,000円未満を切り捨てません。

STEP02

持分相当額を合算

9,228,390円　＋　3,911,700円
＝ 13,140,090円

STEP03

1,000円未満を切り捨て

13,140,090円　→　13,140,000円 （課税価格）

ポイント：各不動産ごと・持分ごとではなく、合算した金額から1,000円未満を切り捨てます。

STEP04

0.4％をかける

13,140,000円 × 0.4％ ＝ 52,560円

STEP05

100円未満を切り捨て

52,560円　→　52,500円

この例の登録免許税

52,500円

土地・建物を2分の1の持分で相続する場合

100万円以下の土地は登録免許税が免税になる場合があります

免税の対象は土地のみ・建物は対象外

相続による土地の所有権移転登記については、一定の要件を満たす場合、登録免許税が免税となる措置があります（租税特別措置法第84条の2の2第2項）。

この免税措置は土地のみが対象です。建物には適用されません。

評価額が低い農地・山林・原野・私道などの土地で対象になることがあります。

判定は1筆ごとに行います

免税の対象かどうかは、1筆ごとの評価額で判定します。複数筆を合算して100万円以下かどうかを判定するわけではありません。

• 1筆の評価額が100万円以下 → その筆について免税
• 1筆の評価額が100万円超 → その筆は通常通り課税

土地が複数筆ある場合、免税対象の筆とそうでない筆が混在することがあります。その場合、免税対象の土地を除いた評価額で登録免許税を計算します。

申請書への記載が必要です

免税措置を受けるためには、登記申請書に免税の根拠となる法令の条項を記載しなければなりません。この記載がない場合、免税措置を受けられませんので注意が必要です。

全筆が免税対象の場合の記載例

租税特別措置法第84条の2の2第2項により非課税

土地が複数筆あり、一部のみ免税対象の場合の記載例

課税価格　金○○円（租税特別措置法第84条の2の2第2項の規定により、○○市○○町○番の土地（価額金○○円）については登録免許税を課さない。） 登録免許税　金○○円

免税対象の土地の評価額を括弧内で明示し、残りの不動産の評価額で計算した登録免許税額を記載します。実際の記載方法は管轄法務局に確認することをおすすめします。

自分で計算すると間違いやすいケース

ここまでのケースであれば、評価証明書を見ながら計算を確認することは可能です。しかし、次のような不動産が含まれる場合は、評価証明書の金額をそのまま拾うだけでは正しく計算できないことがあります。以下では考え方をわかりやすくするために計算例も示しますが、実際の申請では評価証明書・登記簿等を確認し、必要に応じて管轄法務局に確認することをおすすめします。

① 私道持分がある場合｜「非課税」でも登録免許税は0円とは限らない

私道の持分がある場合、固定資産税評価証明書に「非課税」と記載されており、評価額の数字が記載されていないことがあります。

一見すると評価額がないため登録免許税も0円と思いがちですが、固定資産税が非課税であることと、登録免許税がかからないことは別問題です。

評価額が記載されていない公衆用道路については、その私道の近くにある宅地（近傍宅地）の1㎡あたりの評価額を参考にして価格を算出する方法がとられることがあります。つまり「この私道の評価額は近くの宅地の価格をもとに計算する」という考え方です。

近傍宅地の1㎡あたりの評価額の出し方

まず、私道に隣接している宅地（たとえば自宅の土地）の評価証明書を確認し、1㎡あたりの評価額を計算します。

この1㎡あたりの評価額を使って、次のように私道持分の課税価格を算出します。

私道持分の登録免許税の計算

以下は、近傍宅地の1㎡あたり評価額の30%を基準として考える場合のイメージです。実際の算出方法や近傍宅地の選定は管轄法務局によって取扱いが異なる場合があるため、申請前に確認することをおすすめします。

前提条件

• 近傍宅地の1㎡あたりの評価額：80,000円（上記の計算で算出）
• 私道全体の地積：60㎡
• 持分：2分の1

STEP01

私道全体の評価額を算出

80,000円 × 60㎡ × 30％
＝ 1,440,000円

ポイント：ここでは近傍宅地の1㎡あたり評価額の30％を基準とする場合のイメージです。

STEP02

持分割合をかけて課税価格を出す

1,440,000円 × 1/2
＝ 720,000円 （課税価格）

STEP03

0.4％をかける

720,000円 × 0.4％
＝ 2,880円

STEP04

100円未満を切り捨て

2,880円　→　2,800円

この例の登録免許税

2,800円

私道持分を2分の1で相続する場合

評価証明書に「非課税」と記載されているからといって0円として処理するのではなく、管轄法務局に確認することをおすすめします。

② 附属建物がある場合｜物置・車庫・倉庫の評価額を見落とさない

母屋のほかに、物置・車庫・倉庫などの附属建物がある場合、固定資産税評価証明書では主たる建物と附属建物が別行で記載されていることがあります。

登録免許税の計算では、主たる建物と附属建物の評価額を合算して計算します。附属建物の欄を見落として主たる建物だけで計算すると、登録免許税が不足する可能性があります。

STEP01

土地・建物・附属建物の評価額を合算

土地　20,123,400円　＋　主たる建物　5,432,100円
＋　附属建物（車庫）　876,500円　＋　附属建物（物置）　234,800円
＝ 26,666,800円

ポイント：主たる建物だけでなく、車庫・物置などの附属建物の評価額も合算します。

STEP02

1,000円未満を切り捨て

26,666,800円　→　26,666,000円 （課税価格）

STEP03

0.4％をかける

26,666,000円 × 0.4％ ＝ 106,664円

STEP04

100円未満を切り捨て

106,664円　→　106,600円

この例の登録免許税

106,600円

土地・主たる建物・附属建物を同一申請する場合

③ 未登記の増築部分がある場合｜評価証明書のどこまでを合算するかに注意

建物を増築したものの、建物表題部変更登記をしていないケースがあります。この場合、固定資産税の評価は増築後の実態に応じて行われることがあるため、評価証明書の記載と登記簿上の床面積が一致しないことがあります。

自治体によっては、評価証明書に既存部分と増築部分が別欄で記載されることがあります。たとえば、次のような記載になっていることがあります。

• 既存部分の評価額：3,500,000円
• 増築部分の評価額：1,200,000円

このような場合、既存部分だけを見て計算すると評価額を過少に見積もるおそれがあります。ただし、この別欄の記載が同一建物の増築部分なのか、それとも別の建物なのかは、評価証明書だけでは判別が難しいことがあります。登記簿・建物図面・現況・評価証明書をあわせて確認する必要があります。

また、未登記の増築部分がある場合は、相続登記の登録免許税の問題だけでなく、建物表題部変更登記の要否も問題になります。当事務所は司法書士と土地家屋調査士を兼ねているため、登記簿と現況の整合性も含めてご相談いただけます。

なお、建物全体が未登記の場合は相続による所有権移転登記ではなく、まず建物表題登記等の手続きが必要になります。

④ マンションに規約共用部分がある場合｜評価額の見落としに注意

マンションによっては、集会所・トランクルーム・駐輪場などが「規約共用部分」として登記されていることがあります。

規約共用部分とは、本来は専有部分として独立して登記できる部分を、管理規約によって共用部分として扱うものです。この場合、区分所有者全員の共有となり、各区分所有者の持分に応じた評価額が発生することがあります。

規約共用部分がある場合、専有部分の評価額だけを見ればよいのか、規約共用部分に関する評価額・持分も確認する必要があるのかが問題になることがあります。評価証明書や登記事項証明書の見方に慣れていないと見落としやすいため、マンションの相続登記では専有部分・敷地権だけでなく、規約共用部分の登記の有無も確認することが重要です。

登録免許税の計算でよくある間違いまとめ

間違いのパターン	正しい処理
筆ごとに1,000円未満を切り捨ててから合算する	全不動産を合算してから1,000円未満を切り捨てる
持分ごとに1,000円未満を切り捨てる	全不動産の持分相当額を合算してから切り捨てる
固定資産税課税標準額を評価額として使う	「価格・評価額」の欄を使う
私道持分を0円として計算する	近傍宅地の評価額等をもとに課税価格を算出する
附属建物の評価額を見落とす	主たる建物と附属建物を合算して計算する
増築部分の評価額を計算に含めない	評価証明書の全欄を確認して合算する
建物にも免税措置が使えると思う	免税措置は土地のみ。建物は対象外
複数筆の合計で100万円以下かを判定する	1筆ごとに判定する
免税の記載なしで申請する	申請書に根拠条項を記載しないと免税を受けられない

「評価証明書に非課税と書いてあるがどう計算すればよいか」「附属建物や増築部分がある」「一部の土地だけ免税になるが申請書の書き方が分からない」という段階からご相談いただけます。

吉原合同事務所では、千葉市を拠点に、相続登記に関するご相談に対応しています。

よくある質問

まとめ

相続登記の登録免許税は、不動産の名義を変えるときに法務局に納める税金で、専門家に依頼しても自分で手続きしても必ず同じ金額がかかります。

計算は同一申請書に含まれる全不動産の評価額を合算し、1,000円未満を切り捨てた課税価格に0.4%を掛けます。端数処理は各不動産ごとではなく合算後に1回行うのが正しいルールです。計算に使うのは「評価額（価格）」の欄であり、固定資産税課税標準額ではありません。

100万円以下の土地については登録免許税が免税になる特例があります（租税特別措置法第84条の2の2第2項）。ただし免税の対象は土地のみで建物には適用されず、判定は1筆ごとに行います。また免税措置を受けるためには申請書に根拠条項の記載が必要です。

私道持分・附属建物・増築未登記・マンションの規約共用部分などが関係する場合は、評価証明書をそのまま読むだけでは正しく計算できないことがあります。こうしたケースでは計算の誤りが起きやすいため、専門家に確認することをおすすめします。

評価証明書の確認から登録免許税の計算、免税措置の適用確認、登記申請まで一括してサポートします。千葉市緑区あすみが丘を拠点に、千葉市内および周辺地域の相続登記のご相談に対応しています。お気軽にご相談ください。